時は明治１２年。舞台は国際都市、横浜。
文明化著しいこの時代に、悪霊退治を専門とする組織が作られようとしていました。
その組織は、『警視庁特別班』、またの名を『内務省直属悪霊対策班』。

祖母の遺言で人を探すために横浜に降り立った永峰和人。
海軍エリートの道を歩みながら、命令により転任させられた沢木宗一郎。
武者修行の旅で東京に現れた山田虎之助。
幼い頃に別れた兄を慕って追ってきた永峰陽子。
婿捜しのために上京してきた上杉美園。
顔も知らぬ父を捜すために琉球（沖縄）を飛び出した玉城萌夕。

様々な道を経てこの組織にやって来た６名の男女。
彼らは自らを鍛えながら、悪霊による数々の事件を解決して行くことに…。