主人公・滝峰幹也は、妖怪退治を仕事としている神職見習い。
夏休みに入り、彼はとある山にある神社の妖怪退治に派遣される。
共に暮らすのは、音羽家の姉妹、居候の妖怪に無口な神様ナツ。

妖怪達の目的は、ナツの持つ『殺生石』に封じ込まれた妖力。
幹也は音羽姉妹達と協力して、昼は訓練、夜は妖怪退治に奔走する。

盆が近付くにつれて数も増え、強くなっていく妖怪達。
小さな山の神社を舞台に、神職者達と妖怪達の戦いが始まる。