本作は、前作までの１と２を合わせたほどの膨大なシナリオ量を誇っています。 ここでは、各章の物語やステージを簡単に解説します。 序章　 一章　 二章　 三章　 四章　 五章　 六章　 七章　…
※画面写真は実際の製品のものとは異なる場合があります。 序章 主人公、工藤駆はクラスメイトの飛鳥井なつみから一緒に新聞部を作るようしつこく勧誘されます。 病弱で入院生活を送っている舞菜のこと以外はほとんど関心のない駆も、徐々になつみに心を開いていくようになります。 序章では、駆を取り巻く複雑な人間関係がおぼろげながらも描かれます。
妹の舞菜は入院生活	西波医師と、看護婦の姫乃美佳	駆たち兄妹の保護者、吾妻弥生
駆につきまとう飛鳥井なつみ	学生会の吾妻幸伸と吾妻鈴鹿	幸伸の心ない一言に駆は…
第一章 ある日、突如として起こった地震と共に、学園はどこからともなく押し寄せた洪水によって水没してしまいます。 逃げる間もなく激流に飲み込まれる教師やクラスメイトたち。辛うじて難を逃れた駆たちは、この窮地から脱出するべく学園の中を彷徨うことになります。
幸伸の恋人、黒崎夕子	水没してしまった大斗学園	担任の笹山芙由子も濁流に…
異世界の戦巫女、カヤノ	たまにはカメラを引いてみよう	辿り着いた果てにいた者は
※ここまでは、体験版で実際にプレイ可能です。
第二章 困難の末に設立された新聞部。まずは情報収集と、目安箱なるものを設置する新聞部部長なつみ。 その頃、駆と共に無理矢理入部させられた宮村栞を苛めていたクラスメイト達が、次々とケガや病気で登校できなくなるという出来事が起こります。 さらに、図書室に出没しては男を誘うという怪しい女の噂が目安箱に寄せられ、駆となつみは謎を解くべく夜の図書室に赴きます。
気弱なクラスメイト、宮村栞	新聞部設立を助けた新理事長	書架のハンドルを動かすと…
奥に進むにつれ複雑さを増す	異界で出会った女神	最奥部に足を踏み入れる
第三章 ――合わせ鏡の儀式 真夜中、誰もいない部屋で二台の鏡台を向かい合わせに置きます。合わせ鏡の真ん中に立って手鏡を持ち、そこに映った相手が将来の結婚相手です。 もし、どうしてもその人と結婚したくない場合は、その場で鏡をたたき割ってください。結婚しなくて済みますが、二度とその人には会えなくなります。 駆の生家でもある吾妻家に漂う不穏な空気。焦る幸伸と追い詰められて行く吾妻鈴鹿。彼女が長年、ひた隠しにしてきた秘密とは。そして、彼女が葛藤の末に選んだ道は…。
鈴鹿は駆の親戚で幼馴染み	二人の会話が意味するものは…？	吾妻家の広大な屋敷が舞台
鈴鹿を付け狙う謎の影	時には鈴鹿を操作することも	闇の中から現れた者は…
第四章 教え子の進路指導がうまく行かず、教師を続けることに自信を無くしてしまう笹山芙由子。 そんな折、学園の庭に建つ時計塔の屋上から、不気味な唸り声が聞こえてくると言う投書が目安箱に寄せられます。 早速調査に赴く駆達ですが、その最中に芙由子が何者かにさらわれるという事件が起きてしまいます。
駆達の担任、笹山芙由子	彼女が教職を選んだ理由	複雑な立体構造を為す時計塔内部
囚われ陵辱を受ける女神	芙由子の精神世界に飛び込む	最上階での決闘
※"Magistra ex machina"はラテン語で「機械仕掛けの女教師」 第五章 なつみの様子がおかしい。駆を誘って遊びに出かけ、暗くなっても帰ろうとせず、とうとう駆の家に半ば押しかけるように泊まってしまいます。 その翌日、なつみの父親が事故に遭って重体という知らせが入ります。病院で泣き崩れる母親の姿を見て、逃げ出すなつみ。 「違う！　あたしはこんなこと望んでない！！」 なつみの身に一体何が…？　駆達はなつみを追って、異界と化した遊園地に足を踏み入れます。
帰りたくないと縋るなつみ	プリティ・パンダ・パーク	この男。敵か、味方か…？
カヤノの身に一体何が…？	なつみの抱えるトラウマ	４人目の女神
第六章 ネノクニに帰り損ねてしまったカヤノ。仕方なく次の満月まで吾妻家に居候することになりますが、街で迷子になったり学園にやって来たりと騒がしい毎日。 そして満月の日、理事長の助力も得て、新聞部合宿の名目で帰還の儀式を行うことに。しかし、儀式を行う山はネノクニからの悪霊で溢れかえっていたのでした。
騒動必至の出会い	駆、死亡確定（自業自得）	危険なハイキングコース
女神達との邂逅	起伏に富んだマップ	巨大蟹の泡攻撃！
第七章 謎のサイト『蜘蛛の糸』の陰謀を全て退け、カヤノも帰ったことで駆達の周りは日常の落ち着きを取り戻します。 しかし、それも長くは続きませんでした。舞菜の様態急変……焦燥し、精神の安定を失っていく駆。 「何を引き換えにしても、俺は……」 突如連絡を絶った病院に集う人々。そして、ついに『蜘蛛の糸』がその正体を現します。
昏睡状態に陥る舞菜	病院に急行する西波医師と駆	まるで廃墟のような病院
公衆電話から、呼び出し音が…	これは、舞菜の人形…！？	何かが潜んでいる…？
…まだまだ物語は続きます。