ＩＺＵＭＯ２の冒険を終え、現代へと帰ってきた猛たち。
やっと平和な生活に戻れると思いきや、再びネノクニからやって来たサクヤによって大騒動が巻き起こります。
しかもニニギという謎の少年までが一緒で、彼が言うには、自分はサクヤの婚約者なのだとか。
嫌がるサクヤは咄嗟に猛に抱きつき、「この人が私の愛する人よ」と宣言し、自体は一層混沌の渦の中に。
さらに、一触即発状態の猛とニニギの間に、ネノクニに残った剛とヒミコまでもが現れ‥‥

何とかその場を収拾し、ひとまず猛の住む塔馬家に居候することになったサクヤとニニギ。
しかも、猛の祖父である六介の取り計らいにより、何とサクヤたちも出雲学園に編入することに！
やがて次々と姿を現す、新キャラクタ達。そして現代に溢れ出てくる悪霊や精霊。
こうして平和な日々はあっけなく終わりを告げ、波瀾万丈の学園生活が幕を開いたのです。